In mindestens zwei Anwendungsfällen ist die geringe Laufzeit von Let’s Encrypt Zertifikaten lästig: Bei der Nutzung von HPKP (Public Key Pinning) und DANE. Beide Verfahren sollen HTTPS-Verbindungen zusätzlich absichern, indem genau spezifiziert wird, welche TLS-Zertifikate für eine Domain gültig sein sollen. Da mindestens alle 90 Tage ein anderes Let’s Encrypt -Zertifikat eingerichtet werden muss, müssen in diesem Zyklus auch die HPKP- und DANE-Einstellungen mehr oder weniger aufwendig aktualisiert werden.
Der Aufwand lässt sich jedoch mit einem Trick reduzieren: Da beide Verfahren auf der Untersuchung des Public Keys im öffentlichen Zertifikat beruhen, kann man dafür sorgen, dass sich dieser bei der Umstellung auf ein neues Zertifikat nichts ändert.